立法會工務小組委員會昨討論當局申請撥款16.6億元，在皇崗口岸完成重建後，港方口岸建造清關設施等工程。當局指口岸整體建造工程將由深圳市政府承擔，並以象徵式1,000港元租予港方，今次申請的撥款，主要是與深圳口岸「合作查驗」模式的一半費用，以及大樓內港方部門的日常設備。
建築署估計所需費用為16.6240億元，擬議的工程位於皇崗口岸的港方口岸區，總建築面積24.5萬平方米，工程範圍包括旅客清關大堂及查驗設施；車輛清關廣場設施，包括檢查亭、X光車輛檢查系統及車輛自動清關支援系統、衞生檢疫站及隔離設壓系統，以及服務港方口岸區部門的家具和設備，包括無線電通訊系統、電子資訊顯示系統及閉路電視系統等。
現時皇崗口岸大樓正在進行地上主體結構施工，當局指深圳方面的目標是力爭在本年底基本完成大樓建設。根據深圳方面目前的工程進度，預計在本年第4季起開始讓港方工程部門進入工地，以同步施工方式進行大樓內部的工程，以及安裝所需的設施。至於新皇崗口岸的啟用安排及時間表，則有待兩府進一步商討。
當局指如獲立法會財委會撥款後，擬議工程計劃在今年底展開，預計一年內完成。為配合整個重建項目的工程進度，當局現正就一部分擬議工程計劃進行同步招標，待財委會批准撥款後才批出相關合約。
有議員關注新皇崗口岸容量及「合作查驗」模式的港方資料保安工作。當局指新皇崗口岸設計已提升至可容納20萬人次及1.5萬車次，節慶日子亦有機制配合增加人手，又指「合作查驗、一次放行」不存在港深交換資料，市民掃描證件後，資料會交由港深雙方各自清關，不存在資料外送。當局又指通關時間將由原來約30分鐘，大幅縮短至約5分鐘。
議員陳紹雄指局方把撥款的約一成用作應急費用，關注現時已由深方負責主體工程，有關預留費用是否太多。當局回應稱，皇崗是採用「合作查驗」模式的重要口岸，希望預留約一成費用以備不時之需，若日後有剩餘，亦會交回庫房。